Тюрьма Зиндан находится в историческом центре Бухары, в пределах старого города, рядом с другими памятниками эпохи Бухарского эмирата. Это одно из немногих сохранившихся сооружений, связанных не с парадной архитектурой, а с системой наказаний и городского управления прошлых веков. Название «зиндан» в странах Востока обозначало тюрьму, нередко с подземными или полуподземными помещениями для заключенных.

Существующее здание обычно относят к XVIII веку. До начала XX века оно использовалось по прямому назначению, а позже было преобразовано в музей. Экспозиция знакомит посетителей с тем, как была устроена тюремная система старой Бухары, какие существовали камеры и в каких условиях содержались заключенные.

По историческим сведениям, в Зиндане одновременно могли находиться до сорока человек. Здесь предусматривались разные места содержания, включая помещения для должников, карцер и глубокую темницу. В источниках о Бухарском эмирате упоминаются наказания за долги, нарушения общественного порядка и несоблюдение религиозных предписаний, а надзор за частью таких правил осуществлял чиновник, известный как раис.

Для туристов Зиндан интересен как редкий памятник повседневной истории Бухары. Он помогает увидеть не только знаменитые медресе, мечети и торговые купола, но и менее заметную сторону жизни старого города - судебные практики, систему контроля и устройство городской власти.